La mutagénesis dirigida permite sustituir cualquier aminoácido de una proteína por uno de los otros 19 posibles:


La simple delección es una forma inadecuada de estimar la contribución de una interacción a la estabilidad:

El ciclo de doble mutante es una aproximación a la contribución de una interacción a la estabilidad pero no da el valor real:


 

La doble delección puede ser la solución en casos muy cuidadosamente escogidos:

La simulación con modelos simplificados, potenciales rigurosos y cálculo de DG ofrece más posibilidades.