10. Herramientas para el diseño de proteínas de novo. Predicción de estructura secundaria. Predicción de plegamiento. Minimización de energía de la proteína. Búsquedas de homologías de secuencia. Alineamiento de secuencias. Validación de estructuras tridimensionales.

Bibliografía:

        Predicción de estructura secundaria:

• http://www.expasy.ch/www/tools.html#secondary

• Método GOR IV http://pbil.ibcp.fr/NPSA/npsa_gor4.html

• Red neuronal http://pbil.ibcp.fr/NPSA/npsa_nn.html

• nnpredict http://www.cmpharm.ucsf.edu/~nomi/nnpredict.html

• SOPM http://pbil.ibcp.fr/NPSA/npsa_sopm.html

• SOPMA http://pbil.ibcp.fr/NPSA/npsa_sopma.html

      Cálculo del contenido en a-hélice

• AGADIR http://www.embl-heidelberg.de/Services/serrano/agadir/agadir-start.html

       Predicción del plegamiento por homología

• SWISS MODEL http://www.expasy.ch/swissmod/SWISS-MODEL.html

• CPH MODELS http://www.cbs.dtu.dk/services/CPHmodels/

• TOPITS http://www.embl-heidelberg.de/predictprotein/ppHelp.html#P2TOPITS

• 3D-PSSM http://bonsai.lif.icnet.uk/foldfitnew/

     Minimización de energía

• Spdbviewer

• CHARM (en Insight II)

• Sculpt

      Búsqueda de homologías de secuencia

• Diversas herramientas en EXPASY (BLAST, BLITZ, BIC): http://www.expasy.ch/www/tools.html#similarity

• Diversas herramientas en EBI (BLAST, BLITZ,BIC): http://www.ebi.ac.uk/searches/searches.html

        Alineamiento de secuencias

• Diversas herramientas en EXPASY: (CLUSTALW, MSA, ALIGN, Multalin). http://www.expasy.ch/www/tools.html#align

        Validación de estructuras tridimensionales

• Whatcheck: ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/pdb/pub/xternal_software/whatcheck

• Procheck:  http://www.biochem.ucl.ac.uk/~roman/procheck/precheck.html

• Biotech validation suite for protein structures: http://biotech.embl-ebi.ac.uk:8400/