El diagnóstico de fracaso del desarrollo mülleriano se sospecha en la paciente con amenorrea primaria en la cual no hay vagina aparente. Se puede encontrar un útero pero sin un conducto que lo comunique con el introito; en otros casos solo hay un tejido rudimentaria que representa el útero. Si hay algo de cavidad endometrial se puede presentar dolor abdominal cíclico. La función ovárica es normal, lo cual puede ser confirmado con la curva de temperatura basal y niveles de progesterona. El crecimiento y el desarrollo son normales. Por la frecuencia de su asociación se deben descartar malformaciones renales y del esqueleto especialmente de la columna.

El diagnóstico diferencial se debe hacer con el pseudohermafroditismo masculino, para lo cual se recomienda realizar un cariotipo. En el caso del síndrome de RKH el cariotipo es femenino normal 46XX. En cambio en el pseudohermafroditismo masculino tipo síndrome de Morris el cariotipo es masculino normal 46XY.

El tratamiento quirúrgico no es el ideal; es preferible hacer la dilatación progresiva tal como fue descrita por Frank y Wabrek. A diferencia de ésta alternativa, cuando la obstrucción es distal, el tratamiento quirúrgico debe hacerse en forma muy precoz para tratar de evitar la endometriosis y la infertilidad. En ausencia del cérvix no se justifica dejar el útero, ya que este no será apto para un embarazo. Cuando se trata de un caso con vagina sólida es necesaria la creación de una neovagina que permita la cohabitación sexual.

La posibilidad de un embarazo es imposible en la forma clásica del síndrome. En las formas incompletas con útero con mucosa endometrial, el embarazo es difícil y está mediatizado por la capacidad uterina.