Las líneas de investigación desarrolladas en el grupo del Dr. Bruscolini se centran en la aplicación de los métodos de la física estadística al estudio del plegamiento, comportamiento alostérico, diseño y secuenciación de proteínas, con un enfoque muy interdisciplinar. Los intereses son múltiples y abarcan, por un lado al desarrollo de modelos teóricos sencillos y al estudio de sus propiedades físicas, por otro lado a la aplicación de esos modelos a la fenomenología de las proteínas, para la interpretación de los datos experimentales. Finalmente, se pretende desarrollar herramientas informáticas que sirvan de apoyo a la investigación experimental de bioquímicos y biofísicos.
Más en concreto, para el plegamiento de proteínas se utilizan principalmente variantes del modelo WSME, que a pesar de su sencillez es bastante realista, y se ha podido aplicar al desplegamiento térmico, químico o mecánico de las proteínas. Referencias:
http://prl.aps.org/abstract/PRL/v88/i25/e258101
http://prl.aps.org/abstract/PRL/v99/i3/e038103
http://scitation.aip.org/content/aip/journal/jcp/134/7/10.1063/1.3535562
http://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/ja110884m
Para el estudio del alosterismo (eso es, el cambio estructural a una forma activa) y para el diseño se utiliza métodos de campo medio generalizados para predecir la estabilidad de proteínas bajo mutaciones:
http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/prot.22145/abstract
Para la secuenciación, fundamental en proteómica, se introduce una relación entre la interpretación de espectros de masas y el comportamiento de un modelo estadístico unidimensional, definido oportunamente: véase:
http://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/ac4005666
En todos los casos, la investigación conjugará el trabajo analítico y la escritura de programas informáticos, tanto para las simulaciones como para el análisis de los resultados. El doctorando tendrá a disposición las infraestructuras de supercomputación del Instituto BIFI (clusters de high performance computing, punteros en España) y se formará en un entorno multidisciplinar, con constante interacción con bioquímicos, biofísicos, físicos e ingenieros.
El candidato ideal tiene interés para la investigación interdisciplinar, atención rigurosa para los detalles, tiene conocimientos básicos de mecánica estadística, conoce (o está dispuesto a aprender) la programación en C o Fortran y la escritura de código de shell para el sistema operativo Linux.
Interesados contactar a pier@unizar.es incluyendo CV y una carta de presentación manifestando sus intereses y motivaciones.